Die Feuerwehr Witzenhausen wird von dem Wehrführer und seinem stellv. geführt. Sie unterliegt den Weisungen des Stadtbrandinspektor. Die Wehrführung wird für die Dauer von 5 Jahren von den aktiven Kameraden der Einsatzabteilung gewählt und werden in ein Ehrenbeamtenverhältis berufen.
Zur Ausführung des Einsatz- und Ausbildungsdienstes, wurde die Führungsschiene der Feuerwehr Witzenhausen um den Führungskreis erweitert. Dieser setzt sich aus den eingesetzten Gruppenführer der 4 Gruppen sowie den Fachdiensten zusammen.